コマンド別にミニバッファのヒストリを管理する方法です。
;;; ヒストリのリスト
(setq foo-history '("qux" "quux" "quuux"))
;;; 管理したいコマンド
(defun foo ()
(interactive)
(list
(let ((*minibuffer-default-history* foo-history)) ; ヒストリを設定する
(prog1
(completing-read
"foo: " ; プロンプト文字列
'("foo" "bar" "baz") ; 補完候補
:must-match nil ; 必ず補完候補にマッチしなきゃ駄目？
:case-fold t) ; 大文字小文字を区別する？
; 変更されたかもしれないから戻しておく
(setq foo-history *minibuffer-default-history*)))))